První písemná zpráva o obci z roku 1377 sděluje, že Markvartovice držel jistý Rosat, lesník opavských knížat Hanuš a Mikuláše.

V následujícím století zde sídlil slavný rytířský rod Bzenců, který se podle vsi tituloval "z Markvartovic". K Markvartovicím získali i sousední Darkovičky. Po smrti otce Fabiána a následně bratří Jana a Jiřího zdědil statek Kryštof Bzenec, ale již r. 1551 prodal Markvartovice Jakubovi Volskému z Vole a sám přesídlil do Darkoviček, kde zbudoval sídelní tvrz. Jakub Volský ale po třech letech zemřel a vdova po něm, Kateřina z Kadaně, se sirotky prodala Markvartovice Beneši Sponarovi z Blinsdorfu.

Nový majitel osvobodil r. 1554 sedláky od robotních povinností, což potvrdil i následující majitel vsi Bartoloměj z Vrbna na Markvartovicích privilegiem z 15.5.1567, kterým vedle zproštění robot osvobodil své poddané i od povinnosti hlásek. Bartoloměj z Vrbna postavil v Markvartovicích tvrz i pivovar. Po jeho smrti v r. 1583 byly Markvartovice připojeny k panství šilheřovickému, ale jeho držitel Jan mladší z Vrbna na Šilheřovicích rovněž privilegia poddaným z Markvartovic 29.9.1607 potvrdil. Tehdy ve vsi žilo 19 sedláků, 6 zahradníků a 1 svobodný fojt.

Opavští jezuité, kteří se stali majiteli Markvartovic se šilheřovickým panstvím přes odpor zemských stavů v r. 1673, neuznali poddaným privilegia a mnoho let se s nimi soudili. Teprve když švédský král Karel XII. v r. 1707 vymohl pro Slezsko náboženskou svobodu a od Těšína po Žitavu vznikaly reformační kostely, kam směřovali tajní evangelíci z našich zemí, byli jezuité donuceni privilegia potvrdit. Při sepisování katastru v r. 1721 za jezuitů žilo v Markvartovicích 20 sedláků a 15 zahradníků.

Jezuité měli v obci panský dvůr a rybníček Hraniček. Památkou na jejich rekatolizační úsilí je raně barokní kaple z 2. pol. 17. století, která po požáru v r. 1945 byla obnovena. Potvrzená privilegia však jezuité nedodrželi a poddané nutili k neúměrným povinnostem, a tak již v r. 1734 se proti nim vzbouřili poddaní z Markvartovic i z celého panství. Pruský zábor přinesl změnu majitelů.

Vznik školy a školní budovy se datuje k roku 1844. Po připojení k ČSR v r. 1920 měla obec rozlohu 679 ha, 1204 obyvatel, 189 domů a myslivnu Davidku. 19.6.1921 byl ustaven Hospodářský spolek a v r. 1924 Sportovní a vzdělávací spolek.